Whole Transcriptome Sequencing Reveals Gene Expression and Splicing Differences in Brain Regions Affected by Alzheimers's Disease

cufflinks를 설치, test 및 그 사이트에서 추천하는 procedure까지 알아봤다. 그럼 대충 cufflinks 의 내용과 사용법을 알았으니 이를 이용한 논문에서 어떻게 사용하고 데이터를 핸들했는지 알아보자. 왜냐.. cufflinks 결과만 주면 뻘쭘하잖아..

저자 왈 처음으로 AD(Alzheimer's disease) 환자의 뇌의 서로 다른 영역에서의 transcriptome을 RNA-Seq으로 분석했단다. 건강한 사람과 AD 환자의 post-mortem tissue(죽고 나서) 의 total brain, frontal and temporal lobe 영역(위 그림 참조)에서 transcriptome을 조사해서 gene expression의 quantification, splicing isoform, 그리고 alternative transcript start site를 찾았단다. 그리고 overrepresentative 유전자들의GO enrichment analysis를 해보니 음.. neuron 관련 유전자들이란다. 결론은 APOE (apolipoprotein E) 유전자의 alternative splicing 과 promoter usage가 AD 랑 관련있다는것.

그럼 내가 여기서 초점을 맞춰야 할 사항. 1. quantification of gene expression, 2. splicing isoform, 3.alternative transcript start site, 4.GO enrichment analysis의 방법에 대해서 확실히 알아보자.

SRA데이터가 좀 이상하다. 분면 논문 material에서는 paired end adaptor를 붙였다는데 데이터는 single이다. 뭐 여튼 건 중요한건 아니고. 

mapping은 tophat을 이용, cufflinks로 assembly하고 .. cuffcompare로 기존의 annotation과 비교하고 거기서 나온 combine.gtf 파일을 새로운 annotation파일로 써서 cuffdiff를 이용하여 transcript의 양 차이와 alternative splicing 을 찾아냄. 

그리고 GO enrichment analysis는 DAVID를 이용.

싱겁긴 하지만 일단은 여기까지.