Enrichment of differentially methlyated regions with MethylMiner fractionation and deep sequencing with the SOLID System

invitrogen 에서 MethylMiner 라는 kit의 application note로 publish 한 것(여기). 이걸 본 이유는 elution의 농도에 따른 bias를 어떻게 해야 하는가에 대한 의문에서인데.. 
생각보다 MBD-Seq의 장점을 많이 알 수 있게 되서 posting 한다(물론 invitrogen에서 자기네 kit 홍보성으로 만든 것이기에 공정성은 좀 떨어지지만 그래도..).




MBD-Seq의 장점 (MeDIP-Seq 대비)


antibody로 DNA methylation을 detecting 할려면 DNA 를 denature 시켜야 한단다. antibody가 mCpG에 fully access해야만 하기에 denaturation 시키는 과정이 들어가게 되고 이는 실험적인 소요가 요구된다. 음.. 전혀 생각 못했던거다. 워낙에 논문들 대세가 MeDIP-Seq 이라서 그냥 생각없이 antibody를 이용한 precipitation이 좋을 줄 알았는데.. 
글고 여기서 보여지금 그림 하나.

위 그림이 MeDIP 처리 한거랑 MethylMiner 처리한거랑 dye를 붙여서 chip으로 찍었을때 어느 것이 enrichment되나를 본건데 MethylMiner를 이용한것이 훨씬 많은 array hit에서 enrichment 가 되어 있음을 알수 있다. 단순하게 생각한다면 MethylMiner가 훨씬 sensitive 한것처럼 보인다.

elution salt 농도는 어쩌라는 거냐?

음.. 여기 있는거 가지고 굳이 결론을 내려보자면(엄연히 내 생각이고.. 실험에 대한 이해 부족으로 잘못된 결론일 수 있다는 가능성은 농후하다)..

"Greater than 90% of the captured DNA is sequentially eluted with 500 mM and 1M NaCl"

이란 언급에서 500mM이랑 1M만으로 sequentially elution 했음에도 거의 대부분의 captured DNA가 elution 됨을 알수 있다. 그렇기 때문에 gradient로다가 elution을 하게 되면 거의 모든 captured DNA 가 elution 될 것이므로 gradient에 따른 특정 CpG density 영역의 read들만 elution 되는 일은 없을 것으로 생각되어 진다.


그리고 반드시 elution 농도를 섞어에 하는게 아닌가 싶다. 이 application note에서는 500mM과 1M 만을 비교 했는데.. 언뜻 보면 1M 이 좋아보이는가 싶지만 마지막 그림에서 보이듯이 500mM에서만 유독 enrichment 되는 부위가 있다. 곧 모든 elution 농도로다가 뽑아낼 수 있는 DNA는 전부 뽑는게 가장 좋은 방법이 아닐까 한다만... 모르겠다.

근데 또 이 논문을 보긴 봐야 할거 같은데.. 언뜻 method 만봐서는 잘 이해가 안가긴 하지만..