DNA methylation 분석 관련 논문들

일단은 DNA methylation의 생물학적인 면을 좀 볼려면 저번 포스팅에 소개한 science에 논문들을 좀 봐야 하고 분석적인 측면에 대한 참고자료가 필요하다면 아래 리스트를 봐야 할듯 하다


1.첫번째 논문은 Computation for ChIP-seq and RNA-seq studies 로 RNA-seq과 ChIP-seq 에 대해 review를 하고 관련 프로그램이 뭐 있는지 나열한 review 논문이다.

2.두번째 논문은 ChIP–seq: advantages and challenges of a maturing technology 로 ChIP-seq 분석에 전반적인 내용을 담고 있는 것으로  ChIP-seq 분석시 단계별로 어떠한 점을 고려해야 하는지 참고할 만하다.

3.세번째 논문은 Quantitative comparison of genome-wide DNA methylation mapping technologies 으로 DNA-methylation 실험 MeDIP-seq, MethylCap-seq, RRBS, Infinium HumanMethylation27 assay에 대해 비교 분석을 한 논문이다. 어떤 방식으로 실험을 해야 할지에 대해 참고 사항이 된다.

4.네번째는 첫번째 논문에 있는 ChIP-seq 분석 프로그램의 하나이며 DNAnexus에서 model로 삼고 있는 Quest 라는 분석 프로그램에 관한 논문이다.