아래 포스팅은 MBD-Seq 중에 MiGS. 이건 MethylCap-Seq. 차이점이 정확히 무엇인지 알기 위해 본다. 특히나 중요한 것중에 하나가 elution시 salt 농도를 gradient를 줘서 elution 하는거 같은데 확실히 알아볼 필요가 있다.
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Friday, July 8, 2011
Thursday, June 23, 2011
Whole genome DNA methylation analysis based on high throughput sequencing technology
intro에서는 DNA methylation 실험 방법 종류 설명. MeDIP이랑 MBD1. MeDIP의 경우 antibody를 이용하고 MBD는 Methyl-Binding Domain protein인 MECP22를 사용. 논문에 따르면 MBD-seq은 MeDIP-seq 보다는 최근에 시작 됐다고 하네. 그담에 BS-Seq에 대한 이야기가 나온다. 아직(그러니까 그당시 2010 4월) 까진 whole genome BS-Seq이 Arabidopsis 랑 human의 밖에 없단다.
아.. 이 논문 YH(Yan Huang) methylome project 의 시작 논문인갑다(관련 기사). 이게 PBMCs(peripheral blood mononuclear cells) 의 methylome을 base resolution으로다가 밝히는 작업인데.. 이미 YH project에서 genome 을 sequencing 했기에 bisulfite 처리된 read를 mapping 할 때 자신의 genome sequence에다가 mapping 하기 때문에 accuracy가 높다. 또한 ASM(allele specific methylome)이 ASE(allele specific expression)이랑 연관이 깊더라 이런 점도 밝혔단다.
여튼 이 논문의 목적이 뭐냐. 이 논문이 publish 됐을 때 BS-Seq 데이터는 이미 plos biology에 논문이 나갈 준비가 되고 있었던거 같고(in press라고 표현 된걸로 보아), 이 논문에서는 그 BS-Seq 데이터를 reference로 해서 MeDIP-Seq과 MBD-Seq을 비교해 본다.
결론을 이야기 하자면 일단 여기는 프로그램을 MACS을 써서 methylated region을 찾았는데, MBD-Seq은 highly methylated, high-CpG density region에 sensitive 하고 MeDIP은 highly methylated, intermediated-CpG density regions에 sensitive 하다는 것. 아... 그런데 결정적인 말이 있다. BS-Seq 분석결과 대부분의 highly methylated regulatory region은 low-CpG density 이므로 이런거 분석 할려면 MeDIP이 났단다. 아 근데.. 뭐지.. 실험적인 측면에서 이야기 한게 있는데 NaCl 농도를 600mM 로 하면 MBD-Seq도 low-CpG에 sensitive 하단다(salt 농도에 따른 protein의 활성에 따른건가? 이건.. 자세히 봐야 알겠다).
아래 그림이 두 방법을 비교한 그림
그리고 두 방법 다 read density가 methylation 정도를 정확히 표한하진 못했다고.. 이 사실은 이미 알려져 있었던거고 CpG density에 read density와 correlation이 있다는것. 그래서 CpG density에 연관된 biased를 교정하는 step이 절대적으로 필요하단다. MBD-Seq의 경우 high- MeDIP의 경우 intermediate- CpG density에 대한 교정이 필요. 이 교정 방법으로 소개한게 Bayesian strategy(이 논문 꼭 봐야 겠다).
결론은 두 방법을 섞어서 사용하는게 좋을거 같다는거고 그래도 BS-Seq을 대체하지 못하고 특히나 bias 때문에 absolute 한 값을 사용하는건 좋은 생각이 아니라는 것. 다만 두 sample을 비교 할때는 어짜피 둘다 bias가 들어가 있으니 relative 한 값을 비교할때는 괜찮을 것이라는 것.
------------------------reference-----------------------------
1.MBD-Seq :
2.MECP2 :
2.BS-Seq :
아.. 이 논문 YH(Yan Huang) methylome project 의 시작 논문인갑다(관련 기사). 이게 PBMCs(peripheral blood mononuclear cells) 의 methylome을 base resolution으로다가 밝히는 작업인데.. 이미 YH project에서 genome 을 sequencing 했기에 bisulfite 처리된 read를 mapping 할 때 자신의 genome sequence에다가 mapping 하기 때문에 accuracy가 높다. 또한 ASM(allele specific methylome)이 ASE(allele specific expression)이랑 연관이 깊더라 이런 점도 밝혔단다.
여튼 이 논문의 목적이 뭐냐. 이 논문이 publish 됐을 때 BS-Seq 데이터는 이미 plos biology에 논문이 나갈 준비가 되고 있었던거 같고(in press라고 표현 된걸로 보아), 이 논문에서는 그 BS-Seq 데이터를 reference로 해서 MeDIP-Seq과 MBD-Seq을 비교해 본다.
결론을 이야기 하자면 일단 여기는 프로그램을 MACS을 써서 methylated region을 찾았는데, MBD-Seq은 highly methylated, high-CpG density region에 sensitive 하고 MeDIP은 highly methylated, intermediated-CpG density regions에 sensitive 하다는 것. 아... 그런데 결정적인 말이 있다. BS-Seq 분석결과 대부분의 highly methylated regulatory region은 low-CpG density 이므로 이런거 분석 할려면 MeDIP이 났단다. 아 근데.. 뭐지.. 실험적인 측면에서 이야기 한게 있는데 NaCl 농도를 600mM 로 하면 MBD-Seq도 low-CpG에 sensitive 하단다(salt 농도에 따른 protein의 활성에 따른건가? 이건.. 자세히 봐야 알겠다).
아래 그림이 두 방법을 비교한 그림
그리고 두 방법 다 read density가 methylation 정도를 정확히 표한하진 못했다고.. 이 사실은 이미 알려져 있었던거고 CpG density에 read density와 correlation이 있다는것. 그래서 CpG density에 연관된 biased를 교정하는 step이 절대적으로 필요하단다. MBD-Seq의 경우 high- MeDIP의 경우 intermediate- CpG density에 대한 교정이 필요. 이 교정 방법으로 소개한게 Bayesian strategy(이 논문 꼭 봐야 겠다).
결론은 두 방법을 섞어서 사용하는게 좋을거 같다는거고 그래도 BS-Seq을 대체하지 못하고 특히나 bias 때문에 absolute 한 값을 사용하는건 좋은 생각이 아니라는 것. 다만 두 sample을 비교 할때는 어짜피 둘다 bias가 들어가 있으니 relative 한 값을 비교할때는 괜찮을 것이라는 것.
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1.MBD-Seq :
2.MECP2 :
2.BS-Seq :
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