Widespread RNA and DNA Sequence Differences in the Human Transcriptome 2

예전에 이 논문을 소개한적이 있는데 이제야 제대로 봐 볼까 한다. 음.. 사실 제대로 다 볼건 아니고 RDD(RNA-DNA Difference)를 어떻게 찾는지 방법에 대한 것에 초점을 맞추겠다. 이것이 SNP를 찾는 방법과 동일한지 확인해 보고자.


일단 아래 flowchart가 전체적인 분석 과정을 나타낸다. 잘 그렸다. 이것만 봐도 알겠다. 최곤데.

Predicting a Human Gut Microbiota's Reponse to Diet in Gnotobiotic Mice

아 원래 요거까진 포스팅 안할려고 했는데.. 그냥 링크라도 걸어놓을 생각에.. 글고 gnotobiotic¹ 이라는 용어땜시..


abstract 는 보자면.. 음.. 이 논문 상당히 실용적이다. 정확한건 본문을 봐야 알겠지만.. abstract로 나름 이해한걸 쓰자면.. 사람의 gut bacteria를 gnotobiotic mice에 투입(?)해서 host diet에 따른 species abundance와 microbial gene expression을 측정. 그래서 diet와 species abundance의 관계를 statistical model로 만들었다. 이로 diet의 어떤 factor가 species abundance 에 영향이 있었던건지 판단할 수 있게끔 한다. 이런 걸로 애기 음식 식단 조절(?) 뭐 이런것에도 적용 가능하단다. 


 나름 실생활에 적용가능한 내용의 논문이라 좀 흥미롭네..




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1. gnotobiotic animal : 오.. 이런 것도 있구나.. 동물을 C-section, 그러니까 제왕절개해서 무균의 조건하에 길러서 researcher가 원하는 microorganism에 노출되도록 만든 실험 동물.

Widespread RNA and DNA Sequence Differences in the Human Transcriptome

science 지에 나온 논문. 예전에 RNA-seq 분석 리뷰 논문 볼때 RNA-editing에 대해 본적이 있었는데 이 논문이 그것에 대한 것을 연구한 논문(여기서는 RNA-editing에 의한 RNA-DNA Difference, RDD라고 표현). 흥미로운 점이 RNA-editing이라는 현상을 들었을때 아.. 그런 현상도 일어나는구나까지만 생각했는데.. 이 연구자들은 그것에 대해 연구를 해볼 생각을 했다는 것. 참.. 난 연구자에 대한 덕목이 부족하다..


abstract 내용은 다음과 같다. 27명의 B cell 에서의 RNA와 DNA 시퀀스 비교해서 10,000 개의 exonic site of RDD 를 찾음. 이와 같은 RDD는 여러 사람에서 공통적이였고 또 여러 tissue에 걸쳐서도 확인이 됐다고. 또 mass spectrometry를 찍어서 peptide sequence까지 확인했단다. 저널의 그림은 없고.. 표만 쭉 있는데.. 어떤 유전자의 어느 위치에서 RDD가 있다는 내용이 정리된 표들..


다음 그림은 wiki에 있는 RNA-editing에 관한 그림

아 이 논문을 보니 Mass spectrometry 데이터도 다뤄봤음 좋겠단 생각이 든다. 얼마전에 nature에 RNA와 protein의 life time과 양을 측정한 논문이 나왔는데.. 내 기억으로 꽤 차이가 났던 걸로 기억한다. 여튼 이런 논문들 보면 MS도 한번 다뤄보고 싶다는 생각이.. 

Special Online Collection: Epigenetics

예전에 영건씨가 카페에 올린 science지에 epigenetic special 이다. 사이트는 여기.

Role for piRNAs and Noncoding RNA in de Novo DNA Methylation of the Imprinted Mouse Rasgrf1 Locus

역시나 한때.. DNA methylation에 관심이 있었는데 기억나지 않는 이유로 한참을 잊고 있었네. 회사 보건원 과제도 있고 해서 다시 follow up을 해보련다.


논문은 여기. 제목에 있는 단어들 조자 낯설다.. 나 바이오 하는 사람 맞나싶다. piRNA¹ 가 noncoding RNA의 하나 아닌가? de Novo DNA methylation³이라고 하면 양쪽 strand 어디에도 methylation이 안되어 있을때 methylation 시키는 것을 의미하는거고, genomic imprinting² 이라고 하면 한쪽 allele에서만 발현되는 걸 말하는 거고.. 아닌가? 에라이.. 첨부터 다 차근 차근 찾아봐야지. 


일단 abstract를 해석하자면, genomic imprinting이라는게 부모의 생식세포에서 differential DNA methylation에 의해 한쪽 allele(monoallelic) 에서만 유전자가 발현  되는 현상인데, 그럼 어떻게 DNA 특정 부위만 선택적으로다가 methylation이 일어나느냐? 이 논문에서 이 부분을 이야기 한다. Rasgrf1 (Ras protein–specific, guanine nucleotide–releasing factor 1) 의 locus가 piRNA pathway에 dependent 해서 de novo methylation이 일어난단다. piRNA의 target인 retrotransposon 시퀀스가 transcription 되면 이것이 DNA methylation machinery를 모으는 역할을 해서 특정 DNA의 시퀀스가 methylation이 된단다. 이거 abstract로만 이해가 안된다. 본문을 봐야 할듯.


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1.piRNA : piwi-interacting RNA, 말 그대로 piwi라는 단백질과 interaction 하는 small RNA. 이 piRNA complex는 retrotransposon의 transcriptional silence과 연관있단다. 음 microRNA의 와의 차이점은 microRNA는 길이가 21-24nt인데 piRNA는 26-31nt 이고, conservative sequence가 없단다. 동물에서만 발견 되었고.

2.genomic imprinting : 1% 미만의 유전자가 monoallelic expression되는데, germ line cell에서 imprinting이 일어난단다. 이 imprinting이 없어졌다 다시 생겼다 해야 하기 때문에 epigenetic mechanism에 의한 것이 타당한 생각인 것이고.. 보니까 유전자에 따라 엄마에서 온게 imprinting 될 수도 있고 아니면 아빠에서 온게 imprinting 될 수도 있고 곧 imprinting은 germ line에서 일어나는 것. 동식물 모두에서 일어남.
3.de novo methylation :  아래 그림